Создана в 1973 году и возглавляет одну из самых крупных и наиболее развитых централизованных библиотечных систем (ЦБС) России, включающую более 200 библиотек научно-исследовательских учреждений РАН. Около 100 отделений БЕН РАН расположены в московских институтах и подмосковных научных центрах, остальные - в различных регионах России. Центральная Библиотека находится в отдельном здании в центре Москвы по адресу ул. Знаменка, д.11. 
Структурно БЕН РАН является учреждением при Президиуме РАН, имеющим статус научно - исследовательского института. Ее деятельность координирует Информационно - библиотечный совет РАН.